PRIDE: O banco de dados de identificação em proteômica

O advento da proteômica de alto rendimento possibilitou a identificação de números cada vez maiores de proteínas. Correspondentemente, o número de publicações centradas nessas identificações de proteínas aumentou dramaticamente. Com os primeiros resultados do HUPO Plasma Proteome Project sendo analisados e muitos outros projetos de proteômica em larga escala prestes a disseminar seus dados, essa tendência provavelmente não se estabilizará tão cedo. Entretanto, o mecanismo de publicação dessas proteínas identificadas ficou defasado em termos técnicos. Frequentemente, listas muito extensas de identificações são publicadas diretamente com o artigo, resultando em uma leitura volumosa e bastante tediosa, ou são incluídas no site do editor como informação suplementar. Em ambos os casos, essas listas são tipicamente fornecidas apenas em formato PDF com um layout personalizado, tornando praticamente impossível que programas de computador as interpretem, quanto mais as consultem eficientemente. Aqui, propomos o banco de dados de identificações em proteômica (PRIDE) (http://www.ebi.ac.uk/pride) como um meio de finalmente transformar dados publicamente disponíveis em dados publicamente acessíveis. O PRIDE oferece uma interface de consulta baseada na web, uma facilidade de upload de dados amigável ao usuário e uma interface de programação de aplicações documentada para acesso computacional direto. O banco de dados completo PRIDE, o código-fonte, os dados e as ferramentas de suporte estão disponíveis gratuitamente para acesso pela web ou para download e instalação local.