PRIDE: La base de datos de identificaciones proteómicas

El advenimiento de la proteómica de alto rendimiento ha permitido la identificación de un número cada vez mayor de proteínas. Correspondientemente, el número de publicaciones centradas en estas identificaciones proteicas ha aumentado drásticamente. Con los primeros resultados del HUPO Plasma Proteome Project siendo analizados y muchos otros proyectos proteómicos a gran escala a punto de difundir sus datos, esta tendencia probablemente no se aplane en el corto plazo. Sin embargo, el mecanismo de publicación de estas proteínas identificadas ha quedado rezagado en términos técnicos. A menudo, listas muy largas de identificaciones se publican directamente con el artículo, resultando en una lectura tanto voluminosa como bastante tediosa, o se incluyen en el sitio web del editor como información suplementaria. En cualquiera de los dos casos, estas listas se proporcionan típicamente solo como documentos en formato PDF con un diseño personalizado, lo que hace prácticamente imposible que los programas informáticos las interpreten, y mucho menos que las consulten eficientemente. Aquí proponemos la base de datos de identificaciones proteómicas (PRIDE) (http://www.ebi.ac.uk/pride) como un medio para finalmente convertir los datos disponibles públicamente en datos accesibles públicamente. PRIDE ofrece una interfaz de consulta basada en web, una facilidad de carga de datos amigable para el usuario y una interfaz de programación de aplicaciones documentada para el acceso computacional directo. La base de datos completa PRIDE, el código fuente, los datos y las herramientas de soporte están disponibles gratuitamente para acceso web o descarga e instalación local.